Ich habe nun die Lösung gefunden und auch Schande über mein Haupt.
Ich habe mir nachträglich, als CheckMK schon installiert war eine extra virtuelle Platte eingehängt unf per LVM /opt gemounted.
Natürlich habe ich CheckMK vorher gestoppt und mit tar -cvjpf alles von /opt in die eigene Partition (LVM) /opt kopiert. Dann das alte /opt gelöscht. Soweit, so gut. Allerdings habe ich den Link /omd nicht beachtet. Also nicht frisch neu angelegt, nachdem ich /opt aus der ersten vHDD getrennt habe. Meine Schule, mea culpa.
Die eigentliche Lösung:
Alle 3 schon angelegt sites gelöscht. CheckMK-Package purged. Neu installiert dann und jetzt funzt es wunderbar like expected.
Ich hatte den link für /omd zu /opt/omd übersehen. Das war MEIN Fehler.
Vielen Dank für die Hilfestellung.
Viele Grüße,
Sewulba
PS.: Naturlich hat CheckMK durch das Linkvergessen auf /opt die sites wieder angelegt bis /tmp. Nicht auf der extra LVM-Partition. ARGHL Allerdings ohne Daten. Das habe ich jetzt auch aufgeräumt. Alles gut und supervielen Dank für die Hilfe. 
Wünsche schönes WE.