Leider nur ein paar vage Ideen …
Ist das Checkmk Enterprise oder Raw? welche Version?
Daten je nachdem unter ~/var/check_mk/rrd/FQDN/NTP_Time.*
oder var/pnp4nagios/perfdata/FQDN/NTP_Time*
Hast du dort auch die NTP_Time.info bzw. NTP_Time.xml beiseite geschoben? vermutlich am besten bei gestopptem rrdcached. Wird sie neu angelegt? Unterschied zu vorher bzw. Unterschied zu einem Host mit funktionierenden Graphen?