Du musst nur den Stern weglassen, also:
input_patterns: /root/Dokumente
Der / am Ende ist optional und ändert nichts, d.h. es ginge auch /root/Dokumente/.
Die Doku sagt dazu: Wenn man bei input_patterns ein Verzeichnis angibt, dann wird das rekursiv durchsucht:
* ``input_patterns'': Here you can specify one or more *globbing* patterns. If more than one pattern is provided, they will be splitted according to shell rules (using shlex.split). Every matching file will be dealt with, every matching folder will recursively searched for *all* files.
Mit /root/Dokumente/* hast du aber nicht ein Verzeichnis angegeben, sondern N Dateien (die in /root/Dokumente liegen).