Das kann auch am mknotifyd (nur Enterprise Editions) liegen.
Bei uns braucht der ~4-6 Sekunden pro Event. Wenn dann mal etwas mehr los ist kann das dann schon mal ein Weilchen dauern bis alle Spoolfiles verarbeitet sind.
Die eigentlichen Alarmierungsskripte, welche die Events am Ende an das jeweilige Zielsystem versenden brauchen im Vergleich nur ~0.05 Sekunden für die eigentliche Übermittlung.
Wenn sich viele Files im var/check_mk/notify/spool befinden dann ist der mknotifyd noch am abarbeiten der Events.