Das wird halt dummer weise dabei nicht aktualisiert. Ich weiß nicht mehr genau mit was man das triggern konnte, es war jedenfalls nicht gleich ersichtlich.
Der Ordner muss /usr/share/ca-certificates/extra lauten und das eigene root Zertifikat muss die Endung .crt
Danach ein sudo dpkg-reconfigure ca-certificates falls es ein Debian/Ubuntu ist.
Oder halt wie von dir schon genannt sudo update-ca-certificates.
Danach kopiere ich die erstellt ca-certificates einfach in meine Site und das wars.