Ich würde hier mal einfach sagen, es muss der Import zum i-doit angepasst werden.
Im CheckMK die Inventur Daten manuell zu editieren geht ist aber meiner Meinung nach nicht unbedingt trivial und kann auch zu kaputten Daten führen.
Bei der HW/SW Inventur werden erstmal alle Interfaces erfasst welche auf den Devices vorhanden sind. Nur wenn die Porttypen für die Tunnel Interfaces andere sind wie die restlichen Interfaces lässt sich auch in der HW/SW Inventur ein Filter einschalten diese zu filtern.
Hardware / Software Inventory → Parameters for switch port inventory