Im Großen und Ganzen: Was @Dirk sagt. Tolle Zusammenfassung!
Es gibt andere Systeme, wie Gitlab, die auch so arbeiten. Dort gibt es verschiedene Komponenten, die innerhalb der Software verwaltet werden und von denen systemd nichts weiß.
Bei Checkmk kann man es so herunterbrechen: systemd weiß nichts vom Status der Sites. Wie @Dirk das völlig richtig erklärt hat, ist der omd.service nur ein Helferlein. Die wahre Kontrolle steckt im omd Befehl.
TL;DR: Nutzt für das Site-Management nur den omd Befehl! systemd spielt hier nicht mit.