Hallo,
zu den Viren Pattern etc. kann ich dir keine Informationen liefern außer, dass ich das Verhalten mit Kaspersky noch nicht hatte.
Aber zu deiner Frage welche Pfade Checkmk benutzt kannst du hier im Handbuch finden:
Eigentlich reicht es aus wenn du die folgenden Pfade whitelistest oder alle .exe Dateien von Checkmk innerhalb der Pfade.
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C:\Program Files (x86)\checkmk*
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C:\ProgramData\checkmk\agent*
Gruß Norm