Da du CME verwendest war das mit den Usern und den Customer Sites schon vor dem Update genau so. Einen Automation User für die Agent Registrierung würde ich immer als Global User anlegen.
Früher hat man auch keine Hosts auf der Master Site registriert in der CME.
Was hast du hier bisher registriert?
Ein paar weiter Besonderheiten der CME findest auch hier im Handbuch.