Das Problem hier ist - der NTP ist ein Check welcher auf der Agent Seite gecached wird. Aber nur mit 30 Sekunden.
Damit ist der Check bei jedem Abfrageintervall (5min) schon wieder invalide und wird gar nicht verarbeitet.
Ich wüsste jetzt aus dem Kopf auch keine Einstellung mit der man das verändern kann.
Einfach den Normal Check Interval immer auf einer Minute lassen passt 
Ich verstelle dies wirklich nur in Ausnahmefällen.