Puedes limitar la conectividad de los agentes únicamente a la IP del servidor del Checkmk:
Si es el agente linux, en el fichero /etc/xinetd.d/check-mk-agent puedes limitar las ip en el campo only_from.
En los agentes windows igual pero en el fichero check_mk.user.yml.
No sé si era eso a lo que te refieres.