Am sichersten ist, wenn du vor dem Löschen mindestens den rrdcached stoppst, weil der Daten im Speicher hält und die gelegentlich auf Platte schreibt und dadurch evtl. dein Löschen wieder rückgängig macht. Alternativ kannst du auch die ganze Site stoppen/starten, aber das ist natürlich (zeit)aufwändiger.
omd stop rrdcached
# Dateien löschen, wie @mike1098 es beschrieben hat
omd start rrdcached
Ansonsten muss man nichts beachten. Die Dateien werden wieder neu erstellt, sobald Daten vorliegen (und der rrdcached soweit ist).