Mir ist nicht ganz die Syntax in deinem *.cfg-File klar. Vielleicht war das unter Windows anders.
Unter Unix muss das jedenfalls so aussehen (ini-File-Syntax):
[root files]
input_patterns = /root/Dokumente
Dieses [root files] ist ein beliebiger Section-Name, den du dir ausdenken kannst. Ich glaube, der taucht dann irgendwo in der GUI auf.
Sag mal an der Shell
/usr/lib/check_mk_agent/plugins/mk_filestats.py -h
Dann kriegst du Hilfe zu dem Plugin.
Ein Beispiel-Konfigfile findest du im Site-Verzeichnis unter ~/share/check_mk/agents/cfg_examples/filestats.cfg.