Ich benutze kein Git an dieser Stelle, aber die Tage hatte jemand ein ähnliches Problem mit einer .gitignore, die nicht respektiert wurde. Wer weiß, mit welchen --force und ähnlichen Schaltern da commited wird…
Wenn alles nichts hilft, könntest Du von hinten einen gezielten Schuss durch die checkmk-Brust abfeuern und mit einer systemd.path Unit oder einem inotifywait-Prozess auf das .git-Verzeichnis gucken und bei Änderungen den push-Befehl erteilen. Nur so 'ne Idee.