Der Prozess hier schaut ja nicht so toll aus.
mhc 1039 21.5 27.0 4541000 4451432 ? S Apr17 1870:57 python3 /omd/sites/mhc/bin/cmk --create-rrd --keepalive
Ich würde hier mir mal das Core Log anschauen ob der ein Problem hat RRD Daten ordentlich zu schreiben oder irgendwas anderes da faul ist. War ja auch in deinem atop output ganz oben.
Aber dort sieht man nicht wie viel Zeit der Prozess schon vertan hat.