Hi,
vielen Dank für eure Antworten. Was ich noch entdeckt habe ist, dass es bei den Slave Seiten unterschiedlich ist… also bei manchen ist es so wie auf dem Screenshot von Sebastian, und bei anderen geht der Setup Bereich auf.
Ich habe nun mal an einer Site, wo es falsch läuft, den Haken bewusst entfernt, Changes aktiviert, und im Anschluss den Haken wieder gesetzt und die Changes wieder aktiviert. Das scheint das Problem zu lösen.
Deshalb bin ich dann in die Shell und habe mir die sites.mk angesehen. Ich habe mir eine Sicherheitskopie angelegt und dann in der Originaldatei die Phrase ‘disable_wato’: True durch ‘disable_wato’: False ersetzt. Anschließend die Änderungen für alle Sites aktiviert.
Danach dann die Sicherungskopie der sites.mk zurück kopiert und wiederum die Änderungen aktiviert.
Das hat mein Problem wohl gelöst… Jetzt ist auf allen Slaveseiten die Konfiguration deaktiviert 
Die sites.mk ist übrigens hier zu finden: /omd/sites//etc/check_mk/multisite.d/