Hallo @Dominic,
viele SNMP-Abfragen mit 3s Timern könnten eventuell dein Problem erklären, aber hier kommt es simple gesagt auf die Vielzahl der Systeme an. Gehen wir von aus, dass jeder Helper (30) gerade per Zufall auf ein System treffen, die alle min. eine 3s Abfrage haben, dann verzögert sich die Verarbeitung aller restlichen Checks bereits um 3s. Und das stapelt sich natürlich hoch.
Mit dem Change kann ich mir nur erklären, dass halt während der Aktivierung neue theoretisch abzufragende Checks dazu kommen und dadurch die Helper total überfordert werden dem nachzukommen.
Und mit Master-Slave Konstrukt meine ich genau, dass du einen Master-Server hast, der die Konfiguration auf die Slaves pushed, halt über “Distributed Monitoring” und “Slave: Push Configuration to this Site”. Ich hoffe mal, du hast nicht deinen Master als Slave von sich selber gesetzt 
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ich weiß nicht ob das Probleme erzeugen könnte und will es auch nicht probieren 
Solltest du aber ein Master-Slave Konstrukt haben, wollte ich nur fragen, ob du auch explizit die Helper für den Slave hoch gesetzt hast oder für alle. Solltest du nämlich den normal unter “WATO Configuration” → “Global Settings” die Helper erhöht haben, dein Slave hat aber über “Distributed Monitoring” → “Global Settings of Slave” explizite Werte für die Helper stehen, werden die nicht überschrieben 
daher meine Frage.