Das Phänomen kenne ich auch. Ich denke, es liegt daran, dass der rrdcached läuft und die rrd-Dateien nur alle X Sekunden schreibt.
Meiner Erfahrung nach hilft es, die Site erst zu stoppen und dann die rrd-Dateien (samt *.info-Datei) zu löschen. Nach einem Neustart der Site sind bei mir die alten Graphen dann weg.